中国科学院数学与系统科学研究院（以下简称数学院）成立于年12月，是由中科院数学研究所(建于年)、应用数学研究所(建于年)、系统科学研究所(建于年)及计算数学与科学工程计算研究所（建于年）四个研究所整合而成。首任院长是杨乐院士，继任院长是郭雷院士，第三任学术院长为席南华院士、执行院长为王跃飞研究员，第四任院长是席南华院士，现任院长是张平院士。
数学院是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。目前，数学院除了下属的四个研究所以外，还有五个中心，分别为中科院数学科学科教融合卓越创新中心、中科院国家数学与交叉科学中心、华罗庚数学科学中心、中科院晨兴数学中心和中科院预测科学研究中心。此外，还有中科院科学与工程计算国家重点实验室、中科院管理决策与信息系统重点实验室、中科院系统控制重点实验室、中科院数学机械化重点实验室，中科院华罗庚数学重点实验室、中科院随机复杂结构与数据科学重点实验室等。详见
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